Архимандрит Кирил Нектариев води борба с униатството, срещу движението за присъединяване на българите към католическата църква. Още докато е жив той прави значителни дарения.

Голям е приносът му за пловдивските училища, болница и митрополия. Приживе дарява 15 000 гроша на пловдивското девическо училище "Свето Благовещение". Отделно за негова издръжка оставя в завещанието си 1 800 турски лири в облигации в Руската железопътна компания, като от тях всяка година училищното настоятелство получава лихвата. Когато Девическата гимназия става държавна след Освобождението, парите започват да се разпределят за началните училища в Пловдив. Освен това оставя 500 гроша на гръцкото училище в Пловдив, 550 гроша - на пловдивското църковно настоятелство, 1000 гроша на болницата в Пловдив, 1300 гроша - на пловдивските манастири.

Приживе архимандритът раздава 304 000 гроша, а останалите 141 885 гроша оставя като дарения за след смъртта си. Общото му дарение за църквата, просветата и културата е на стойност 445 885гроша.